市场监督管理局简化审批流程是增强监管力度、改善商业环境的必要步骤，但在实际操作中显现出若干弊端。必须仔细研究这些弊端，才能促使改革更加深入。
审批流程是否繁琐
行政批准手续依旧很麻烦。部分审批步骤多，提交的文件种类多，企业和个人在办理事务时需要跑多个服务点，花费很多时间和体力。比如申请公司执照时，如果需要同时办理几项业务，会牵涉到多个部门的前置审核，各个部门的标准不一样，使得公司在准备文件和审核阶段遇到很多阻碍，让整个审批过程变得非常低效。
信息共享是否通畅
现在，市场监督管理局和其余机构之间数据交流不顺畅，各个机构的系统大多是分开的，资料不能立刻交换。举例来说工商局行政审批制度改革存在问题，在办理公司注册时，市场监督管理局不能马上拿到税务、社会保障等机构的有关资料，因此造成反复检查、多次递交文件，既加大了公司的负担，也容易产生资料不吻合的情况，使得审批工作不够精确和迅速。
审批标准是否统一
审批尺度参差不齐是个显著难题,各个地方、各位职员针对同样审批事务的认知和控制不尽相同,有的地方对某些行业进入门槛放得宽,有的则收得紧,造成公司在不同地方遭遇不一样的审批情形,损害了市场公平竞争氛围,也令企业跨区域开展业务感到不便。
监管力度是否足够
改革期间，审批环节受到重视工商局行政审批制度改革存在问题，而监管方面有所忽视。审批流程简化之后，对企业的后续经营活动管理没有及时跟上步伐。部分企业在拿到许可后从事不法行为，例如销售假货、进行不实宣传等，市场监督管理局难以迅速察觉和处置，这种情况不仅损害了购买者的权益，也对市场秩序造成了不良影响。
服务意识是否到位
一些员工的职业素养有待提高。审批环节中，他们表现冷漠，缺少耐性，对于企业和民众的询问，不能迅速提供正确答案。服务点布局不科学，设备条件不充分，导致使用者感受不好，没有切实做到以客户需求为出发点，这种情况与改进服务水平的本意正好相反。
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